Zeus'un kıskanç karısı Hera'dan korumak için ak bir ineğe dönüştürdüğü sevgilisi Io, Hera'nın üzerine tebelleş ettiği at sineğinden kaçmak için Kuzguncuk'a zıplar Boğaz’ın diğer yakasından. Yazılı tarihteyse bir dönem Arapların köye şarap içip rezalet çıkarmak üzere yerleştiği sanılır; halbuki Fenni'nin söylediği gibi köyü aşıklar mesken edinmiştir.

Boğaziçi'nin Anadolu yakasında, Paşalimanı ile Beylerbeyi arasında kalan vadide -artık Boğaz Köprüsü ile birlikte- yer alan Kuzguncuk'un eski adı, altın ya da yaldızlı kiremit anlamına gelen “Chrysokeramos” olarak bilinir. II. Justinianus (669-711) tarafından yaptırılan bir kilisenin kiremitlerinden kaynaklandığı rivayet edilen bu ad daha sonra 'Kasynytza' olarak değiştirilir ve zamanla 'Kuzguncuk' halini alır. Evliya Çelebi'nin Seyahatnamesine göre Kuzguncuk adı, Fatih Sultan Mehmet zamanında yörede yaşayan 'Kuzgun Baba'dan kaynaklanıyor.

Kuzguncuk'un bir Musevi köyü olarak kurulduğu sanılıyor. Avrupa Musevileri için Kuzguncuk, 'kutsal topraklara varmadan önceki son durak'. İnançları doğrultusunda vaad edilmiş topraklara gidemeyenlerin, hiç değilse buraya yerleşip ölmeyi ve gömülmeyi vasiyet ettikleri anlatılır eskiler tarafından. Köyün yamaçlarında geniş bir alan kaplayan Musevi mezarlığı da bu savı destekler. Musevilerin reisi olan Hahambaşı vekilinin makamı 1930'lara kadar Kuzguncuk'taymış. Bu makamın seçimi de, daha sonraları Cengiz Bektaş tarafından onarılan tarihi bir Kuzguncuk evinde yapılırmış. Kömürcüyan kuruluşundan itibaren Kuzguncuk'ta Rumların da bulunduğunu yazar. Ermenilerse 18. yüzyıldan itibaren yerleşmeye başlarlar. Osmanlı döneminde Kuzguncuk’ta Müslüman nüfus hep azınlıkta kalmıştır.

Hemen hemen bütün Boğaz köylerinde olduğu gibi, 19.yy'da çalışmaya başlayan 'Şirket-i Hayriyye' vapurları köyün ekonomik ve toplumsal yapısını değiştirir. Kuzguncuk'u harabeye çeviren 1864 yangınından sonra inşa edilen iskele, bu değişimin ilk basamağı oldu. 1864 yangınında 500 civarında ev ve dükkanın yandığı rivayet edilir.

Kuzguncuk'ta Müslümanların hep azınlıkta kalmış olması cami, mescit gibi Müslüman ibadethanelerinin bölgeye geç girmesine neden olur. 1860'da Cemil Molla tarafından sahilde inşa ettirilen 'Üryanizade Mescidi'nden sonra, ancak 1952'de Rum Ortodoks Kilisesi’nin bahçesine 'Yeni Cami' inşa edilmiştir. Neredeyse yapışık duran bu iki ibadethanede yıllar boyu çok özen gösterilen bir konu ezanla çan sesinin birbirine karışmamasını sağlamak olmuş. Üryanizade Mescidiyse mimari yapısı ve dokusal konumu itibariyle çok önemli bir eser olmasa da, minaresi İstanbul'da tektir. Dantela şeklinde örülmüş ahşap konstrüksiyon minare, boğazın ve gökyüzünün mavileriyle bütünleşerek eşsiz bir görünüm sunar.

İki Rum (Ayia Trias Ayazması ve Ayios Panteleymon Kilisesi), bir Ermeni (Surp Krikor Lusavoriç) kilisesi (1835) ile iki sinagog, gayrimüslim nüfusun köydeki ibadethaneleridir. Küçük Hamam, Dağ Hamamı, İsmetbey Çeşmesi ve İskele Çeşmesi köydeki diğer önemli tarihi eserler. Kuzguncuk sahilinde yer alan yalılardan günümüze ulaşan en görkemli örneklerden birisi 'Fethi Ahmet Paşa Yalısı' (1808). Pembe Yalı ya da Mucanlar Yalısı olarak da bilinen yalı, haremlik ve selamlıktan oluşuyor. Hemen arkasında aynı ismi taşıyan bir de koru yer alıyor. Günümüzde yalnızca selamlık bölümü kalan yalının korusu, halka açılması koşuluyla belediyeye bırakılmış. 19.yy sonlarında yaşamış bir aydın olan Cemil Molla’nın ayrıca sözünü edeceğimiz köşkü de tepenin yamaçlarında, Boğaz Köprüsü'nün ayakları dibinde yer alır.

Kuzguncuk'un semt içi dokusu, yangınlardan arta kalan yapıların yanısıra, genelde 19 ve 20.yy'ın başlarında inşa edilmiş tek evler, sıra evler ve yalılar ile son dönem apartmanlarından oluşur. 1864 yangını sonrasında yapılan ve semtin özgün dokusunu oluşturan dar parselasyon üzerinde yükselen sıra evlerin kat sayısı 2 ila 4 arasında değişir. Yapılar ya tümüyle kagir, ya da kagir zemin kat üstünde ahşap katlardan oluşur. Birçok Boğaz köyünde rastlanan dine dayalı yerleşim ayrışmasına, Kuzguncuk'ta ekonomik temelli bir ayrışma da eklenir. 20. yy başlarından aktarılanlara göre zengin Yahudilere ait evlerin çoğu sahilde yer alırken, içlerde orta halli Yahudi ve Rumlar oturuyordu. Kuzguncuk’u diğer Boğaz köylerinden  ayıran bir özellik de suyla çokça barışık bir yerleşme olmaması. Sahildeki yalı, iskele ve diğer yapılardan kalan boş parsellerden uzanabilmiş yüzyıllar boyu Kuzguncuklu suya. Merkezden, yani Icadiye Caddesi girişinden 200 metre kadar sonra başlayıp Üryanizade Mescidine kadar uzanan park alanı denizle haşır neşir olunabilecek tek kamusal alan. Eski kayık çekek yerleri izlenimi veren küçük boş parsellerdeyse ufak mangalda balık rakı partileri -molaları- dönüyor haftanın her günü, günün her saatinde.

Eski zamanlarda çileğiyle meşhur olan köyde, Museviler'in balıkçılık ve sebzecilik, Rumların berberlik, kahve ve meyhane işletmeciliği, Ermeniler'in ise kuyumculuk ve tuhafiyecilik üstüne çalıştıkları bilinir. Katlanabilen ilk tahta metrenin köyde icat edildiği rivayet edilir. Yine aktarılanlara göre köy, basma ve yazmalarıyla çok ünlüymüş. Özellikle Sarkis Kalfa Basması her yerde bilinirmiş. Türkiye'nin en iyi ve ünlü ud yapımcısı olduğu söylenen Onnik Usta, bugün Cengiz Bektaş'ın oturduğu evde yaşarmış. Bir boğaz köyü olmasına karşın, balıkçılık pek gelişmemiş. Ancak akıntı midyesi geleneksel geçim kaynaklarından birisi. Eskiden Boğaz'da çok sayıda gelincik balığı avlanırmış. Ve bu balığın avcısı başka balık avlamazmış. Gelincik bir sepetin içerisinde midye ve ekmek sarkıtılarak yakalanırmış. Koskoca Boğaz'da artık iki gelincik avcısı kalmış; biri Anadolu Hisarı'nda, diğeri Kuzguncuk'ta. Ancak onlar da artık gelincik avlayamamaktan şikayetçi.

Kuzguncuk'ta azınlıklar yok olmaya yüz tuttu. Ermeni papaz neredeyse yalnız kalmış, sinagogta yapılan Sabbat törenlerine köyde kalan birkaç düzine Musevi aileden ancak 15 kadar kişi katılır hale gelmiş. Rumların durumu da farklı değil. 1992’de yapılan bir araştırmaya göre köyde 25 Rum, 17 Yahudi ile 6 Ermeni yaşıyor. Geleneksel sakinlerinin köyden ayrılması yerleşim dokusunu da bozmuş; evler el değiştirmiş, birçoğunun içinde ve dışında orjinal dokuyu tahrip eden tadilatlar yapılmış.